相传，三亚有一条河，由于上游山民刀耕火种，使植被遭到严重破坏，每逢山洪暴发，山上的泥石砂砾就倾泻而下，经藤桥河流入大海，将清澈湛蓝的海水弄得污浊不堪。
海龙王遂将此事报告给玉皇大帝。于是，玉帝用手中神剑将距离此地七公里的琼南岭角之山岭截去一段，并命两头神牛前去堵住河口。谁知途中被一人发现，点破了天机，神牛不动了，化作两块巨石，山岭变成了岛屿。因此神奇传说，此岛得名古崎洲岛，两块巨石人称姐妹石。
后在海南设立三亚市的时候，政府部门在核实各地地名的时候，当地渔民提供了一种说法，认为该岛很像一种名为“蜈支”的海洋生物，遂将该岛改名为蜈支洲岛，并沿用至今。
